盡管MBBR在國內推廣10余年，取得了一定的成績，但仍存在一些問題需進一步研究。

首先，懸浮載體流化仍是定性概念，缺乏定量參數。流化均勻性只能通過肉眼識別，這為MBBR納入自控體系增 大了難度；學者們通過采用曝氣強度、氣水比、流化曝氣量、完全流化曝氣量等概念予以解釋流化，但均難以廣泛適用；

第二，懸浮載體流化，對于好氧區，屬于氣、液、固（載體）、固（污泥）多相流，水力模擬難度大，缺乏水力模型的建立；

第三，泥膜復合工藝中泥膜的動態關系需要進一步理解，對于不同情況下匹配合適的方案，實現水質穩定基礎上的節能降耗；

第四，部分污水廠預處理設施不完善，纖維毛屑、砂石均對懸浮填料攔截篩網構成威脅，雖然MBBR系統設計時充分考慮了這些，并通過水力學條件優化防 設計預期，可能造成篩網磨損加劇呈幾何級數增長，造成篩網壽命不如預期，對進水充分調研，以及對篩網材質進行進一步研究，選用耐用材料或合理壁厚，是工程中需要注意的問題；

第五，MBBR是涉及到水力學、微生物學、材料學的交叉學科，水力學的流化控制、微生物學的菌落特征、材料學的載體材質均需要進一步研究；懸浮載體生物膜的認識，從宏觀的生物膜厚度、生物量，到微觀的微生物菌落、掛膜機理，都有待進一步挖掘，對工藝本質的認知需進一步深化。

但MBBR這種微生物選擇性以及工藝鑲嵌的特點，讓MBBR可作為新技術的載體和工程化平臺，具有廣闊的應用前景。污水廠經過提標改造后，下一個目標及提效，具體內容就是節能和降耗，而具備節能降耗的典型工藝，如SND、DPB[51]、ANAMMOX等，懸浮載體均可作為相關微生物的加載平臺。SND已在優化運行中得以很好的控制和實現。DPB實現途徑，不論是A2/N還是UCT，MBBR均可作為硝化菌群載體，釋放污泥齡，為DPB的實現創造條件；青島某污水廠，缺氧區TP去除率超過80%，進水TP在6-8mg/L時，厭氧區TP濃度達到了15mg/L左右，缺氧區出水TP濃度<1.0mg/L，生化段磷去除率>90%。ANAMMOX或CANON等自養脫氮工藝核心即為自養菌，自養菌比生長速率低、易于流失等特點，需要菌種固定化技術予以規避其缺點，實現工程化應用，國內多個成功啟動的自養脫氮工藝均采用MBBR形式；研究表明，中試反應器采用MBBR實現TN去除負荷超過1.2kgN/m3/d；另有研究，采用青島某污水廠消化液進行CANON工藝中試啟動，有效池容為20m3，采用純膜MBBR工藝，系統TN去除負荷超過1.25kgN/m3/d，已穩定運行超過500d。但不論是SND還是CANON，均利用了生物膜分層分布的特點，富集不同生化特性微生物群體，對于生物膜厚度、水力剪切強度、DO水平控制均較為關鍵，是能否成功的核心因素。

另外，MBR的大量應用中，膜污染和堵塞是核心問題，重要原因在于MBR旨在富集更高污泥濃度提高處理效果，而較高污泥濃度恰恰是膜污染的直接致因。有學者采用MBBR-MBR工藝，利用MBBR提高處理效率，降低反應器內污泥濃度，延緩膜的污染，獲得了良好效果。